A principios de 1999 tres matrimonios: Germán y Adilia Rauda, Rafael y Ana Ivett López y Luis y Karina Navarro realizaron su Encuentro Conyugal, todos ellos perseveraban en la comunidad de Sitio del Niño. Solicitaron a padre Óscar Álvarez el permiso para la apertura de Encuentros Conyugales en Ciudad Arce y, después de algunos contratiempos, estos tres matrimonios comenzaron la evangelización para formar la comunidad del MEC en Ciudad Arce.
La evangelización rindió fruto y el 3 y 4 de diciembre de 1999, siendo dependientes de la comunidad del Sitio del Niño, seis parejas realizaron su Encuentro Conyugal: Francisco y Sonia Jaime, Mario y Maury Mazariego, Mario y Leny Rodríguez, Jacinto y Margarita Romero, Elías y Gloria Guardado y David y Carmen Irene Cartagena. El grupo se llamó "Familia de Nazaret" y sus animadores fueron Germán y Adilia Rauda.
Entre los años 2000 y 2021, aun siendo comunidad dependiente de Sitio del Niño, se formaron otros cinco grupos de crecimiento, siendo sus animadores: Rafael y Ana Ivett López, Francisco y Sonia Jaime, Mario y Leny Rodríguez, Elías y Gloria Guardado y David y Carmen Irene Cartagena. Llegaron a formar los llamados hermanos del encuentro "cero".
Para ser comunidad independiente, el principal requisito era tener perseverando al menos 20 parejas. Ya cumplido este requisito, las primeras elecciones de secretarios generales se celebraron el miércoles 3 de julio de 2002, siendo elegidos los hermanos David y Carmen Irene Cartagena.
Ya como comunidad independiente, 17 parejas realizaron el Encuentro Conyugal n.º 1 los días 16 y 17 de noviembre de 2002 en la casa de retiro Jerónimo Emiliani, en Sacacoyo. En esa ocasión tomaron grupo los hermanos Walter y Mariquel Linares, Luis y Karina Navarro, y José Antonio y Esperanza Guerrero.
A partir del año 2002 y hasta la fecha se ha continuado con la evangelización de muchos matrimonios que han tenido el encuentro con Cristo a través del Movimiento de Encuentros Conyugales.
Hermanos que han servido como secretarios de comunidad desde 2002:
2002 – 2004: David y Carmen Irene Cartagena
2004 – 2006: Emilio y Marilena Linares
2006 – 2008: David y Carmen Irene Cartagena
2008 – 2010: Elías y Gloria Guardado
2010 – 2011: Wilfredo y Miriam Pleitez
2011 – 2013: Danilo y Dinora Hernández
2013 – 2015: Elías y Gloria Guardado
2015 – 2017: Emilio y Marilena Linares
2017 – 2019: Cristian y Laury Crespín
2019 – 2021: Cristian y Laury Crespín
2021 – 2023: Danilo y Dinora Hernández
2023 – 2025: David y Yanira Martínez
2025 – hasta la fecha: David y Carmen Irene Cartagena